۱ - شورای عالی پژوهش
علاوه بر تصویب و بازنگری چشم‌انداز، مأموریت‌ها و اهداف کلان موسسه، تصمیم گیری‌های حیاتی مربوط به فعالیت موسسه و تعیین خط مشی و اصول کلی برنامه‌ها و ارزیابی فعالیت‌ها و تدابیر لازم جهت پیشرفت و حسن جریان امور پژوهشی موسسه نیز بر عهده این شورا می‌باشد.
اعضا:
- رییس موسسه
- نماینده مراکز تهیه و توزیع کالا به انتخاب وزیر صنعت، معدن و تجارت
- ۳ نفر از شخصیت‌های علمی و صاحب نظر و یا اعضاء هیأت علمی دانشگاه‌ها و مؤسسه‌های آموزش عالی کشور در رشته‌های اقتصاد، بازرگانی، اقتصاد اسلامی و یا رشته‌های ذیربط به پیشنهاد رییس موسسه و تصویب وزیر صنعت، معدن و تجارت
- نماینده بانک مرکزی ایران
- نماینده وزارت امور اقتصادی و دارایی
۲ - شورای پژوهشی
تصمیم‌گیری‌های مربوط به برنامه‌های سالانه پژوهشی و اجرای آن‌ها؛ نحوه همكاري و ارتباط موسسه با نهادهای پژوهشی داخلي و خارجي؛ همكاري با صاحب‌نظران حوزه‌های ماموریتی موسسه، تعیین ارکان طرح‌های پژوهشی پایه‌ای و تفاضا محور؛ انتشار کتاب‌های تالیفی و ترجمه شده؛ حمایت از پایان‌نامه‌های کارشناسی ارشد و دکتری؛ و غیره در این شورا صورت می‌پذیرد.
اعضا:
- رئیس مؤسسه یا قائم‌مقام (رئیس شورا)
- معاون پژوهشی (دبیر شورا)
- معاون برنامه‌ریزی، توسعه مدیریت و منابع
- رؤسای پژوهشکده‌ها
- مدیرکل امور پژوهشی و توسعه ارتباطات علمی
- ۳ نفر از اعضای هیات علمی، مدیران و مشاوران موسسه
- ۳ نفر از صاحب‌نظران و متخصصان بیرون از موسسه در حوزه صنعت، معدن و تجارت
۳ - هیات ممیزه
بررسی و ارزیابی کیفیت فعالیت‌های علمی و تصمیم‌گیری در خصوص جذب، تبدیل وضعیت، ارتقاء و ترفیع پایه علمی همکاران پژوهشی موسسه، تأیید امتیازات لازم جهت استفاده از فرصت‌های مطالعاتی، ماموریت‌های آموزشی و پژوهشی، بررسی وضعیت رکود علمی؛ انتخاب اعضای هیأت علمی نمونه (پژوهشگر/مدیر) در سطح موسسه، بخش و کشوری؛ و غیره از وظایف این هیأت می‌باشد.
اعضا:
- رییس موسسه یا نماینده وی از اعضای هیأت علمی موسسه
- معاون پژوهشی موسسه (دبیر هیأت)
- معاون برنامه‌ریزی توسعه مدیریت و منابع
- یک تا سه نفر از اعضای هیأت علمی موسسه ترجیحاً دانشیار به بالا به پیشنهاد رییس موسسه با تأیید و حکم وزیر صنعت، معدن و تجارت
- یک تا سه نفر از اعضای هیأت علمی بیرون موسسه ترجیحاً دانشیار به بالا به پیشنهاد رییس موسسه با تأیید و حکم وزیر صنعت، معدن و تجارت
- ارزیاب هیات (بدون حق رای)
- سایر افراد حسب صلاحدید رییس یا دبیر جلسه عضو مدعو
۴ - شورای برنامه‌ریزی
بررسی و تصمیم‌گیری در مورد سیاست‌ها، اهداف کمی و برنامه‌های فرابخشی موسسه، بررسی و تصویب برنامه راهبردی موسسه، برنامه‌های سالیانه و بودجه موسسه، ارزیابی عملکرد موسسه و تعیین و تمرکز بر اولویت‌های موسسه توسط این شورا انجام می‌شود.
اعضا:
- رییس موسسه
- معاونین
- مشاورین ریاست موسسه
- مدیران شرکت و مراکز تابعه
- روسای پژوهشکده‌ها
- سایر همکاران تعیین شده از سوی ریاست موسسه
۵ - کمیته‌های نشریات علمی و نشر کتاب‌های موسسه
ماموریت این کمیته تعیین اولویت‌ها، خط‌مشی‌ها و سیاست‌‌گذاری‌‌های مربوط به نشریات علمی موسسه و انتشار کتاب‌های تالیفی، ترجمه و کتاب‌های مستخرج از طرح پژوهشی موسسه می‌باشد.
اعضای کمیته نشریات علمی:
- رییس موسسه
- سردبیر
- مدیر داخلی نشریات
- معاون پژوهشی
- مدیر روابط عمومی
- اعضای مدعو دیگر با تشخیص رییس موسسه
اعضای کمیته نشر:
- معاون پژوهشی (رییس کمیته)؛
- نماینده رییس موسسه (عضو اصلی)؛
- معاون برنامه‌ریزی، توسعه مدیریت و منابع (عضو اصلی)؛
- مدیرکل امور پژوهشی و توسعه ارتباطات علمی (دبیر) ؛
- مدیرعامل شرکت چاپ و نشر بازرگانی (عضو اصلی)؛
- یکی از اعضای هیات علمی موسسه به پیشنهاد معاون پژوهشی و تایید رییس (عضو اصلی)؛
- روسای پژوهشکده‌ها/ افراد حقیقی داخلی یا بیرونی (دو نفر عضو هیات علمی دانشگاه‌ها و موسسات پژوهشی) به پیشنهاد معاون پژوهشی (عضو مدعو)؛
- مدیر داخلی نشریات (عضو مدعو)؛
- رییس روابط عمومی (عضو مدعو).
۶ - کمیته سرمایه انسانی
وظایف این کمیته شامل بررسی نیازها، تعیین استراتژی‌ها، تعیین استانداردها و سیاست‌ها، ارتقاء فرهنگ سازمانی، مدیریت پیش‌بینی نیازها و ایجاد برنامه‌های توسعه شغلی و پیشرفت حرفه‌ای منابع انسانی است.
اعضا:
- معاون پژوهشی
- معاون برنامه‌ریزی، توسعه مدیریت و منابع
- مدیرکل منابع انسانی و پشتیبانی
- مدیر برنامه و بودجه
- دو نفر از همکاران هیات علمی موسسه
۷ - شورای معاونان
از جمله وظایف این شورا، انجام هماهنگی‌های لازم میان ارکان تصمیم‌گیر موسسه، اطلاع رسانی و انتشار متوازن اطلاعات با هدف همسوسازی اقدامات واحدهای مختلف موسسه، تعیین اولویت‌های سازمان و تمرکز منابع برای تحقق اهداف، بررسی مسایل و مشکلات سازمانی و ارایه راه‌حل‌های جمعی و اجماع‌سازی برای رفع موانع و حل آن‌ها، پیگیری برنامه‌های کوتاه مدت و راهبردی و درگیر کردن تمام ارکان ذیربط، می‌باشد.
اعضا:
- رییس موسسه
- معاونین
- مشاورین ریاست موسسه
- مدیران شرکت و مراکز تابعه
- روسای پژوهشکده‌ها
- سایر همکاران تعیین شده از سوی ریاست موسسه