پژوهشکده‌های مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های بازرگانی، بازوهای تخصصی و عملیاتی این مؤسسه در راستای تحقق رویکرد محوری وزارت صنعت، معدن و تجارت (صمت) هستند که وظیفه «راهبری، مدیریت و اجرای پژوهش‌های تقاضامحور، مسئله‌محور و اثربخش» را در کشور بر عهده دارند. این پژوهشکده‌ها مأموریت دارند تا برنامه‌های پژوهشی خود را در قالب یک نظام برنامه‌ریزی سالانه و با نگاهی راهبردی به اسناد و قوانین بالادستی، اهداف کلان وزارتخانه و نیازمندی‌های پویای بخش‌های صنعت، معدن و تجارت تدوین کنند. فرآیند علمی این پژوهشکده‌ها کاملاً مشارکتی و مبتنی بر نیازهای واقعی است؛ چرا که پس از اخذ پیشنهادات از نهادهای تابعه وزارت صمت و انجام بررسی‌های کارشناسی، برنامه‌های خود را تدوین کرده و پس از تصویب و ابلاغ رئیس مؤسسه، به مرحله اجرا درمی‌آورند.

ساختار کلان این پژوهشکده‌ها بر اساس حوزه‌های تخصصی به سه بخش عمده زیر تقسیم می‌شود:

• پژوهشکده توسعه صنعتی و معدنی: متمرکز بر سه حوزه کلیدی «گروه پژوهش‌های صنعت»، «گروه پژوهش‌های معدن و صنایع معدنی» و «گروه پژوهش‌های فناوری و نوآوری».
• پژوهشکده مطالعات اقتصادی و توان رقابتی: فعال در حوزه‌های ساختاری و آینده‌نگر شامل «گروه پژوهش‌های اقتصاد کلان و آینده‌پژوهی»، «گروه پژوهش‌های مدلسازی و مطالعات منطقه‌ای» و «گروه پژوهش‌های محیط کسب و کار».
• پژوهشکده توسعه بازرگانی: متمرکز بر بخش‌های تجاری و تعاملات بین‌المللی شامل «گروه پژوهش‌های بازرگانی داخلی»، «گروه پژوهش‌های بازرگانی خارجی» و «گروه پژوهش‌های ترتیبات تجاری، منطقه‌ای و بین‌الملل».